Les différents pathovars des colibacilles entérovirulents :

les souches d’ E. coli responsables de diarrhées sont capables de coloniser la muqueuse digestive grâce à des facteurs d’adhésion spécifique, et de produire des toxines actives sur les cellules intestinales. Elles sont rassemblées en six pathovars en fonction des signes cliniques de l’infection et des facteurs de pathogénicité mis en jeu.

E. coli entéropathogènes (ECEP)

Reconnus responsables de diarrhées infantiles épidémiques dans les années 50, leur pouvoir pathogène n’a été confirmé qu’en 1978, et leur mécanisme d’action cellulaire et cellulaire commence seulement à être compris.

Cliniquement, ils provoquent des diarrhées aqueuses profuses d’incubation courte (quelques heures), qui surviennent surtout chez les nourrissons et s’accompagnent de vomissements et de fièvre. Ces infections sont fréquentes et épidémiques dans les pays en voie de développement, mais rares dans les pays dont l’hygiène est correct, quand on les rencontre dans ces pays, elles ont un caractère communautaire (cantine, repas familial).

E. coli entérotoxinogènes (ECET)

Ils sont avec les Rotavirus la principale cause de diarrhée infantile dans les pays en voie de développement. Ils sont aussi responsables de la tourista du voyageur qui atteint les adultes et les enfants. la contamination est indirecte par l’eau ou les aliments souillés, mais la contamination directe interhumaine est possible.

Cliniquement, ces infections se manifestent par une diarrhée cholériforme due à la production d’une toxine thermolabile (LT) ou thermostable (ST), qui peut être violente, et dont l’incubation varie de quelques heures à quelques jours. Elle dure généralement un ou deux jours, et peut s’accompagner de vomissement mais pas de fièvre. La déshydratation qu’elle provoque est un facteur de gravité de l’infection.

E. coli entéroinvasifs (ECEI)

On les rencontre dans les pays en voie de développement dans lesquels ils sont responsables de 1-2 % des diarrhées endémiques chez l’adulte et l’enfant.

Cliniquement, cette infection se traduit par un syndrome dysentérique voisin de celui des Shigelles, c’est donc une diarrhée aiguë sanglante et muqueuse pouvant contenir du pus. La réaction inflammatoire au niveau du colon est importante avec des douleurs abdominales souvent violentes.

E. coli entérohémorragiques (ECEH)

Découverts récemment (début des années 80) lors d’épidémies aux Etats-Unis et au Canada, ce pathovar est responsable d’ infections graves chez l’homme et les animaux. La toxine produite par ces souches possède des similitudes avec la toxine de Shigelle dysenteriae de type 1, c’est une Shiga-like toxine (SLT) ou Vérotoxine (VT). Les colibacilles produisant cette toxine sont donc appelés VTEC.

Cliniquement chez l’homme, les manifestations sont d’intensité variable, il s’agit d’une diarrhée aqueuse qui peut se prolonger par une colite hémorragique caractérisée par des crampes abdominales douloureuses et une diarrhée sanglante. Dans moins de 10 % des cas, chez l’enfant ou le vieillard, des complications peuvent survenir avec installation d’un syndrome hémolytique et urémique (SHU) caractérisé par une insuffisance rénale aiguë et plus rarement par un purpura thrombopénique avec microangiopathie.

La contamination humaine se fait principalement par la nourriture d’origine animale et surtout par la viande de boeuf hachée insuffisamment cuite. les bactéries sont hébergées dans le tube digestif des animaux (surtout boeuf et porc), et elles contaminent la viande accidentellement au moment de l’abattage. On retrouve ce type d’ infections dans tous les pays industrialisés, ainsi plus de 9000 cas ont été décrits au Japon en été 96, en hiver 96 en Ecosse (10 décès), en France en 93 dans l’Oise, et dans le Cher. Dans une enquête épidémiologique récente le Réseau National de Santé Publique (RNSP) a montré l’augmentation de l’incidence de ces infections et leur danger croissant.

E. coli entéroagrégatifs (ECEAg) et à adhésion diffuse (ECAD)

Décrits en 1987 après isolement dans les selles d’enfants chiliens, ces souches présentaient un mécanisme d’adhésion différent de celui des autres pathovars, leur rôle pathogène est encore controversé, leur isolement est cependant associé à un certain nombre de diarrhées infantiles persistantes (plus de 14 jours). Les ECAD seraient responsables de diarrhées chez les enfants entre 48 et 60 mois.

Il semble qu’il existe un grand nombre de porteurs sains pour les deux pathovars, ce qui constitue un réservoir de souches pathogènes important, car certaines de ces souches produisent des adhésines retrouvées chez les E. coli responsables d’infections urinaires.

Facteurs de Pathogénicité et Diagnostic

Le diagnostic bactériologique des E. coli responsables de diarrhées est basé sur la mise en évidence de leurs facteurs de pathogénicité, caractéristiques d’un pathovar donné. La détection peut être phénotypique (adhésion, toxine) ou génotypique (hybridation ou amplification génique). Actuellement seules les techniques phénotypiques sont disponibles en routine pour détecter les toxines LT (ECET) et SLT (ECEH) par des méthodes ELISA ou par agglutination. Ces techniques sont réalisables sur les selles du malade directement ou après enrichissement sur des milieux sélectifs.

La détermination du sérotype est importante en épidémiologie, mais n’apporte pas d’élément au diagnostic

Conclusion
Parmi les 6 pathovars actuellement connus, le plus préoccupant et dangereux en France est sans aucun doute le type ECEH, il fait actuellement l’objet d’études épidémiologiques dans des élevages sources de contamination. Cependant pour lutter efficacement contre ces souches, il faudra attendre le développement de techniques moléculaires de diagnostic qui font pour l’instant cruellement défaut.

Mis à jour par H. DUPONT le 2 Juin 2009
D’après B. JOLY CH Clermont-Ferrand

1 - Transmission de l’infection

Hélicobacter pylori est une bactérie de découverte récente qui est responsable, chez l’homme, d’une infection durable de la muqueuse gastrique contractée le plus souvent pendant l’enfance.

Le réservoir bactérien est principalement humain, et la transmission s’effectue par voie orale, ou orofécale. Les facteurs de contamination les plus importants sont liés aux mauvaises conditions d’hygiène, et à la vie en collectivité.

2 - Prévalence de l’infection

La prévalence augmente avec l’âge dans les pays industrialisés et varie selon le niveau socio-économique.

3 - Prévalence en gastro-entérologie

• Gastrites chroniques actives : 95 à 100%
• Ulcères duodénaux : 93%
• Ulcères gastriques : 80%.

4 - Physiopathologie

Hélicobacter pylori n’est pas un commensal de la muqueuse gastrique, car sa colonisation s’accompagne d’une réponse immunitaire locale, d’une réponse inflammatoire, d’altérations de la surface épithéliale et du développement d’une atrophie et métaplasie intestinale.

Ce germe interviendrait dans l’ulcérogénèse par deux mécanismes : l’un, direct, faisant intervenir les propriétés cytotoxiques de la bactérie et son effet promoteur sur les médiateurs de l’inflammation, l’autre, indirect, dans l’ulcère duodénal par augmentation de la sécrétion gastrique acide.

5 - Méthodes de diagnostic

Les méthodes de diagnostic sont classées en invasives et non invasives, selon qu’elles sont liées ou non à une fibroscopie gastroduodénale.

Méthodes invasives :

• Test à l’urée (endoscopie + biopsie)
• Bactériologie
• Histologie
• Amplification génique (PCR)

Méthodes non invasives :

• Test respiratoire au C13
• Sérologie
• Recherche des antigènes bactériens dans les selles

6 - Sérologie Hélicobacter pylori : Intérêt pour le diagnostic

La détection des anticorps anti Hélicobacter pylori présente un intérêt au niveau diagnostic car il s’agit d’une méthode simple, non invasive pour les sujets à risque, ou infectés. Son utilisation est particulièrement intéressante dans les cas suivants :

• Ulcères gastroduodénaux sous traitement d’entretien : après éradication du germe, le taux des anticorps décroît de façon significative en 3 à 6 mois, ce qui permet d’évaluer l’efficacité du traitement (85% de succès avec les trithérapies actuelles).

• Symptomatologie digestive haute chez l’enfant : examen non invasif.

• Prélèvement : Sérum

Cotation : B70 remboursable

7 - Recherche des antigènes bactériens dans les selles

Cette technique directe présente le grand avantage de donner une image instantanée de la situation du patient, en effet, la spécificité et la sensibilité de cette technique sont excellentes, elle présente donc un intérêt diagnostic majeur, mais, de plus, elle permet un suivi rapide et efficace des patients traités. En effet, 15 jours après le début d’une antibiothérapie, il est possible d’effectuer un contrôle de l’efficacité thérapeutique. ceci est d’autant plus intéressant que le nombre et la fréquence des résistances aux antibiotiques sont en augmentation constante (14% pour la Clarithromycine, et 29% pour le Métronidazole en 1998).

• Prélèvement : échantillon de selles

Cotation : Hors Nomenclature

Ces deux techniques ont été développées par les laboratoires MERIDIAN

8 - Test respiratoire au C13

Commercialisé sous le nom d’ Hélikit, ce test met en évidence le dégagement de C13 dans l’air exhalé par le patient porteur d’Helicobacter ; Il est totalement indolore et ne provoque aucun effet secondaire.

Mis à jour le 02/07/05 par Hervé DUPONT - Biologiste
Pour en savoir plus

Les Papillomavirus sont des virus à ADN d’environ 8000 pb à tropisme cutanéo-muqueux, ils infectent les cellules en division et l’infection peut rester latente, puis, le virus peut entrer dans une phase réplicative, conduisant à l’apparition de cellules altérées : les koïlocytes. Enfin, l’ADN viral peut s’intégrer dans le génome de l’hôte, alors qu’il était présent jusque là sous forme épisomale. Cette intégration induit une dérégulation de protéines virales qui vont interférer avec le cycle cellulaire et engager un processus de prolifération.

L’infection par les Papillomavirus (HPV) de type oncogène (types 16, 18, 31, 33, 35, 45, 46, ..) est une cause majeure de transformation de l’épithélium cervical et, elle est responsable en grande partie de la genèse des cancers cervicaux. En effet, on retrouve ces HPV à haut risque dans 99,8 % des carcinomes, la détection des HPV par une technique simple, sensible et automatisable pourrait donc améliorer de façon très significative la prévention de ce type de lésions. Mais, les HPV ne se développent pas en cultures cellulaires, ils ne sont détectables que par des techniques de biologie moléculaire (Hybridation, PCR). Par ailleurs le fait de les retrouver chez une patiente ne doit pas faire conclure à l’apparition certaine d’un cancer en l’absence de traitement, mais on sait que le risque d’apparition de ce type de cancer est alors multiplié par 10.

Quelle est la prévalence des infections à HPV ?

C’est l’infection virale sexuellement transmise la plus fréquente, on connait plus de 80 types de HPV dont 23 sont spécifiques du tractus génital masculin ou féminin. les manifestations cliniques sont très variables selon l’emplacement de l’infection, le type HPV et le statut immunitaire du patient. Selon les études le pourcentage de porteurs varie de 20 à 25 % des sujets étudiés. On observe cependant un pic (25-30%) vers l’âge de 25 ans, puis une diminution progressive après 30 ans (10%). Le portage viral est, en moyenne de 8 à 14 mois, au delà de ce délai, il devra être considéré comme anormalement long et faire l’objet d’une surveillance. On considère que 50% des femmes porteront un HPV pendant une période plus ou moins longue au cours de leur vie. Le délai de portage minimal pour observer l’apparition d’un cancer du col est compris selon les études entre 8 et 12 ans. En conséquence une patiente dont le test HPV est négatif peut attendre 5 ans avant d’être à nouveau testée.

L’infection conduit à l’une des trois situations suivantes :

• La région infectée reste normale, l’infection est latente ou inactive, l’immunité du sujet contrôle l’infection et celle-ci est le plus souvent inapparente.
• Le virus provoque des modifications des cellules infectées, elles seront classées en cellules atypiques lors d’un frottis de dépistage. A ce stade, si l’infection n’est pas détectée, les altérations cellulaires pourront évoluer vers une maladie cancéreuse.
• Des lésions importantes (condylomes) sont détectées lors d’un frottis, leur présence doit vous alerter et faire envisager un examen approfondi et un traitement médicamenteux (Podophylline), chirurgical ou par laser.

Quels sont les signes de l’infection à HPV ?

Les symptômes peuvent apparaître des semaines, des mois, voire des années après l’infection initiale, ainsi chez les femmes infectées pendant leurs premières années d’activité sexuelle, les lésions pourront ne se développer que vers l’âge de 30 ans , ou 40 ans ou jamais. Les lésions à HPV se présentent sous la forme de verrues visibles sur les parois vaginales ou la vulve, mais le plus souvent elles ne sont détectées que lors d’un frottis systématique.

Quels sont les facteurs de risque ?

• Précocité du premier rapport sexuel
• Multiplicité des partenaires
• Notion d’antécédent de maladie sexuellement transmissible pour la patiente ou son partenaire
• Tabagisme, et tabagisme du conjoint

Quels sont les moyens de détecter les HPV ?

Actuellement 2 tests commerciaux sont disponibles pour la détection des HPV, ils permettent également de préciser si le virus détecté appartient à une classe à risque ou non. Ces test sont fabriqués par les sociétés Qiagen et Roche.

Les HPV sont ils dangereux chez la femme enceinte ?

Les HPV ne semblent pas poser de problème particulier pendant la grossesse, cependant cette période s’accompagne d’une immunossuppression relative naturelle qui permet habituellement une amplification de l’infection préexistante. Le plus souvent, cette amplification régresse après l’accouchement.

La transmission au bébé au moment de l’accouchement est possible mais rare.

Hervé DUPONT d’après Dr Christine CLAVEL - CHR Reims - RFL 2000
mis à jour le 31/07/15

Structure du virus

L’EBV est un virus enveloppé à ADN bicatenaire, son génome comporte 172.000 paires de bases (pb) dont la séquence est connue depuis 1984. Ce génome comprend 2 régions principales distinctes : une courte de 1,5 kb et une longue de 150 kb, des séquences répétées annexes permettent en plus la circularisation de l’ADN. A ce jour, 2 types différents d’ EBV (EBV 1 et 2) ont pu être identifiés à partir d’un polymorphisme des gênes codant pour les protéines EBNA, cette différence structurale s’accompagne de différences de comportements biologiques, le type 1 ayant un pouvoir transformant et une capacité de transactivation des gênes CD21 et CD23 supérieurs au type 2. Ainsi, environ 90% des sujets immunocompétents infectés hébergent le type 1, alors que chez les sujets immunodéprimés le type 2 est retrouvé dans plus de 20% des cas (dans 10% des cas les deux types sont retrouvés simultanément). Le type 2 est également plus fréquent dans les régions endémiques pour le lymphome de Burkitt.

Physiopathologie et diagnostic biologique

L’infection se déroule en 2 phases distinctes :

• Pénétration du virus dans les cellules de l’oropharynx qui vont subir une infection lytique avec production de virions.
• Contamination secondaire des lymphocytes B à l’occasion de leur passage dans le tissu lymphoïde pharyngé.

La phase de latence est ensuite caractérisée par l’immortalisation des lymphocytes B infectés.

L’EBV est à l’origine de nombreuses pathologies, en premier lieu, la MNI bénigne chez le sujet sain, mais également des lymphoproliférations malignes survenant chez l’immunodéprimé (transplantés, HIV, syndromes d’immunodépression lié à l’X).

Le diagnostic de la MNI est purement sérologique, et basé sur deux groupes de techniques :

• La recherche des anticorps hétérophiles : Décrits dès 1932, ces anticorps de spécificité inconnue sont de classe IgM, et ils agglutinent les antigènes de surface de certaines hématies animales (boeuf, mouton, cheval). Ils sont mis en évidence par le MNI test ou par la réaction de Paul et Bunnel-Davidsohn. Ils apparaissent en 15 jours et disparaissent en 2 à 3 mois. Malgré quelques améliorations, cette technique reste faussement négative dans 20% des cas chez l’adolescent et l’adulte et chez 50% des jeunes enfants. D’autre part, des faux positifs pourront être observés lors d’infections comme la Rubéole, la Toxoplasmose, Hépatite B, infection à CMV.

• Sérologie spécifique : Le grand nombre de fractions antigèniques exposées lors du cycle lytique initial génère l’apparition séquentielle d’un grand nombre d’anticorps distincts qui permettent d’établir un véritable profil sérologique. les différents anticorps recherchés sont :

* Anticorps anti VCA (Viral Capside Antigen) de type IgG, IgM et si besoin IgA
* Anticorps anti EBNA (Epstein Barr Nuclear Antigen) de type IgG
* Anticorps anti EA (Early Antigen) de type IgG

Nomenclature des Actes de Biologie Médicale :
Infections à EBV :
Recherche des anticorps hétérophiles quelle que soit la technique : B20

Marqueurs du virus EB :

• Recherche d’une infection ancienne (Ac VCA IgG et EBNA) par ELISA : B100
• Recherche d’une infection récente ou évolutive (Ac VCA IgM ou EA IgM) par ELISA : B40
• Recherche spécifique des Ac EA IgA ou VCA IgA par IF : B40 par ELISA : B70

D’après JM Seigneurin -Virologie Moléculaire Médicale
Mis à jour le 15/10/12 par Hervé DUPONT - Biologiste